祝由科作为一种官方化的巫医，自隋代开始被纳入官方医学范畴，唐承隋制，在医署设立“咒禁科”主管禁咒，除邪魅之法 。
近代以来，一般认为祝由是一种迷信，与科学格格不入，渐渐被时代所抛弃 。但祝由在民间流传甚广，也为一些名医所借鉴 。
究其原因：一是“祝由一术统摄内外诸症，不用方脉，可免误辩温凉；不用针灸，可免误刺穴道；不用方药，可免误下毒药 。”二是“治病之法，深奥千里，浅学济急，未辨精微，颇多误事 。乡民鄙人，仓猝之间，勿药而喜，类泛简便，得一二者，救活生灵，善功德事哉！”
依现代眼光来看待，祝由治病是传统医学的组成部分，有它存在和传承的理由 。祝由认为有一种信息物质的存在，有穿透性 。祝由各有门派，一般都是咒语，古言符号，真言同用，符是符号语言，咒是语言符号，互依互存，相得益彰 。
祝由治病现在还无法用现代科学理论加以解释，但疗效却不可思议，看似简单，实则深奥，可能与针灸、推拿等医学遗产有同等的重要性，是一个有待发掘的宝库 。
例如，鱼刺卡喉，这在日常生活中容易出现 。这个病痛，不大不小，上医院有点小题大做，不上医院又极不舒服 。吞饭团，大口喝水，甚至喝醋，都效果不佳 。笔者祖父(叶公世才)曾经传下一个有关于治鱼刺卡喉的祝由方子，做法如下：
用小碗盛清水，面对清水低头念话：
“饮一口清泉水，
化成九条龙，
此水到喉咙，
【民俗巫医“祝由科”】一化影无踪，
人字头上带精神，
钢刀一把斩邪精，
吾奉太上李老君，
急急如律令 。”
念完之后，用手指悬空在水碗上方书写两个字 。第一个字是：雨字头，鬼字脚，斜钩上写“风” 。第二个字是：雨字头，鬼字脚，斜钩上写“雷” 。