相对丰度计算公式 _核苷酸

【相对丰度计算公式】

文章插图
单个核苷酸频率很容易计算，Nt/N，Nt为单个碱基在序列中出现的次数。
二联核苷酸频率的计算P=Nw/(N-1),Nw为二联核苷酸在序列中出现的次数。
二联核苷酸相对丰度值就是Tij=Pij/(PiPj),其中Pi是单个核苷酸出现的频率，Pij表示二联核苷酸出现的频率。对于随机序列，且相邻两核苷酸相互独立，理论上Pij＝piPj，也就是说相对丰度值应为1，所以1－Tij可作为序列对二联核苷酸偏性的测量。DRA反映了两个相邻碱基之间的相关程
通常用符号R表示。
定义为气体中轻组分的丰度C与其余组分丰度之和的比值。
其表达式是R≡C/(1-C) 。
也可为质谱图中相对于基峰的离子峰度(从峰高计) 。
低于百分之三十八。微生物相对丰度低于百分之三十八为正常。微生物相对丰度超过百分之三十八算高。因为所有正相关微生物相对丰度的均值从百分之四升高至百分之三十八，超过百分之三十八，则为高微生物丰度。微生物相对丰度就是说在一定的范围内，描述微生物种类的多少的指标。