流行|对接程序,是基于计算机辅助结构的药物设计最流行的工具( 二 )





基于自洽电荷密度泛函的紧密结合半经验的方法已在框架中与力场一起用于对接程序 。 这种组合大大改善了锌和血红素金属蛋白的结果 , 由于强极化或键的形成 , 这对许多经典对接代码构成了严峻挑战共价性质 。 现代对接程序的所有限制都可以消除 , 但代价是对超级计算机资源的高需求:而不是笔记本电脑上的几秒钟 , 我们需要在数百个超级计算机核心上数十小时内直接通用对接程序的性能 , 具体取决于力场、连续溶剂模型的实现和可移动目标蛋白质原子的数量 。