构象|超越谷歌“AlphaFold2”，为新药研发提供利器，复旦复杂体系多尺度研究院团队发表全新蛋白质侧链预测成果( 二 )

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研究人员展示了几个预测较为成功的结构。结果表明，OPUS-Rota4的侧链预测结果和天然构象基本接近，尤其是对于那些位于蛋白质内部的中心残基。

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如图所示，蓝色为天然构象，红色为预测结果。
研究人员还对几个相对预测较差的结构进行了分析。研究人员认为，其预测较差的主要原因可能是这些结构中都存在较长的无序loop区域，该区域的氨基酸侧链结构自由度较高。

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【构象|超越谷歌“AlphaFold2”，为新药研发提供利器，复旦复杂体系多尺度研究院团队发表全新蛋白质侧链预测成果】研究人员表示，将会对蛋白质侧链建模进行进一步研究，以期继续提升准确率，并将对侧链建模在实际问题中的应用进行探索。侧链预测的技术难度很大。马剑鹏打比方说：“基于高精度的自然主链构象来建侧链结构，就像在静止的船甲板上做金鸡独立，站稳很不容易。如果是基于计算机预测的非自然主链构象来建侧链结构，就像在摇晃的船甲板上做金鸡独立，难度更大。”
复旦大学复杂体系多尺度研究院青年副研究员徐罡为论文第一作者，复旦大学复杂体系多尺度研究院院长马剑鹏为通讯作者。

作者：李沁园
编辑：吴金娇
责任编辑：姜澎
图片来源：受访单位

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