基础设施|瑞金医院超算平台位列全球第八

近日，国际超级计算大会（SC21）公布全球最新IO500榜单。上海交通大学医学院附属瑞金医院转化医学大科学设施建设的大数据平台——ASTRA ，在这张代表全球顶尖数据存储性能的榜单上斩获全球第八的位置。据悉，同榜单选手包括华为、英特尔、谷歌等国内外超算巨头。
ASTRA是干什么的？从一件事中可窥一斑。去年5月20日，《自然》在线发表了一篇来自上海市公共卫生临床中心与转化医学国家重大科技基础设施（上海）以及瑞金医院等单位合作研究的论文——《与新冠临床结果相关的病毒和宿主因素》。该论文对上海市公共卫生临床中心在2020年1月20日-2月25日期间收治的326例患者，进行了病毒基因组、临床表现特点、免疫反应改变等数据的全面深度分析，揭示了新型冠状病毒性肺炎的分子流行病学和临床表现特征，尤其是发现了向重症转化的关键预警因子。
【基础设施|瑞金医院超算平台位列全球第八】从1月27日收到第一例测序样本到完成基因组组装和临床数据分析、向国际数据库递交112个病例的新冠基因组高质量序列数据，以及文章撰写提交等，这期间只用了短短45天。在这背后，正是2020年1月刚上线的ASTRA平台提供了强劲的算力和存储支撑，可谓功不可没。
此外，在新冠研究过程中， ASTRA平台建立了具有重要公共卫生安全意义的应用算法平台，对国家疾病防控研究有所助益。
ASTRA平台隶属于转化医学国家重大科技基础设施（上海）生信大数据平台。转化医学国家重大科技基础设施（上海）是“十二五”期间国家重点规划的16项重大科技基础设施之一，于2013年7月经国家发展和改革委员会正式批准建设，是我国在生物医药领域第一家国家级大设施。上海交通大学和上海交通大学医学院附属瑞金医院为大设施两大建设主体。
此次转化医学大科学设施是首次参评IO500榜单的医疗机构，该平台项目由瑞金医院与英特尔的工程师一起经近半年的准备和技术反复优化，最终提交评测。
“元宇宙”概念方兴未艾， AI、大数据向各行各业渗透，算力和存储性能是评价超算平台尤为重要的两个指标。打个比方，如果说算力是车，存储就是路，好车需要有好路，在生信领域组学数据容量巨大的环境下更是如此。
转化医学大科学设施研究员吕纲说，转化医学大科学设施的ASTRA平台是医学生信领域第一台能在存储性能上冲进全球榜单前十名的高性能生信大数据系统，从存储性能上打破了生信行业的“天花板” ，随着高性能计算技术与医学研究的融合，高效的存储技术会对未来生信分析和AI技术在临床的应用带来更为重要的推动作用。采访人员唐闻佳通讯员朱凡