非参数分析 如何进行全基因组关联分析,如何在SPSS里实现多组间两两比较?

【非参数分析 如何进行全基因组关联分析,如何在SPSS里实现多组间两两比较?】meta分析服从的十个原则:


1. 明确Meta分析的主题和类型


可以使用PICO原则来制定研究问题 。要确认这一主题是否已有发表的Meta分析,以避免重复工作 。


2. 遵循指南开展不同类型的Meta分析


有几个常用的指南,例如,QUORUM声明,MOOSE声明 。,目前广泛使用的是PRISMA声明(系统评价和Meta分析优先报告条目) 。


3. 确定纳排标准、定义关键变量


应该事先确定好纳入(如研究类型、出版语言等)和排除标准(如最小样本量等) 。应该清楚定义出需要从每篇文章中提取的变量 。


广泛的纳入标准会增加研究间的异质性,狭窄的纳入标准可能会难以找到研究,要取得均衡 。


4. 在不同的数据库中系统检索、提取关键数据


可以在几个数据库中进行系统检索,通常情况下,在多个数据库中检索有助于尽可能找全已发表研究 。


从原始文章中充分提取和记录关键数据是进行Meta分析的基础 。对纳入研究的质量评估也是一个关键问题,这可以用于确定纳入标准、敏感性分析或研究的差异性加权 。


5. 联系原始研究的作者询问缺失数据


原始研究的正文或者附录文件缺乏关键数据也是很常见的,因此需要联系作者获取缺失的数据 。


6. 为你的研究问题选择最佳统计模型


通常情况下,Meta分析采用的是固定效应模型或随机效应模型 。对于更复杂的数据,也有人提出了多元Meta分析的方法 。其他统计操作涉及敏感性分析、Meta回归、亚组分析、异质性检验(如Q或I2) 。


7. 使用规范软件进行统计


有几个常用的软件可以用于Meta分析,有的软件是有统计包 。可以处理绝大部分Meta分析的任务,甚至是复杂的Meta分析 。


8. 记录和研究报告须完整且透明


除了所使用的Meta分析策略的细节之外,检索、纳入标准、筛选出的摘要和纳入研究的数量等数据都很有用,对纳入研究进行的质量评估也很有用 。


可以构建一个电子表格,记录筛选标准中的每个步骤,这将有助于构建流程图 。描述不同步骤间进展的流程图非常有用,会提高Meta分析的质量 。


如果将来需要对该Meta分析进行更新,这些记录也大有用处 。此外,说明Meta分析存在的局限性也很重要 。


9. 投稿时提供足够的数据


Meta分析的文章中,有一张关于原始研究完整信息的表格,非常有用,可以放在论文的正文中,也可以作为附录文件


10. 针对你的发现建议未来研究方向


讨论部分是Meta分析的重要组成部分,作者应该在目前已有文献和知识体系下对当前发现进行讨论 。


Meta分析通常综合了多个原始研究的证据,这些研究需要数年和大量资金,作者可以推荐未来进行原始研究的重要建议 。

非参数分析 如何进行全基因组关联分析,如何在SPSS里实现多组间两两比较?

文章插图
如何在SPSS里实现多组间两两比较(非参数分析)?
比较标准的答案:两独立样本的非参数检验(Wilcoxon M-W U检验)+Bonferroni检验(Bonferroni correction) 。
楼主碰到的是参见的多重检验校正问题multiple testing或者称为post hoc,不管是在方差分析、卡方检验还是非参数检验都会碰到 。在方差分析中提供了诸如LSD-t、SNK-q检验之类方法,而在其它情况基本无公认方法(有方法,但不常用) 。但有一种通用的校正方法叫Bonferroni检验,即根据检验次数将检验水准降低(一般书本放在卡方检验这章),当然这是一种过于保守的校正方法,试想,检验了k次,alpha就要除以k,得到这样的阳性结果确实不太容易;当然根据概率的计算,如果k次检验完全相互独立,检验水准确实应该除以k 。由于非参数检验两两比较主要采用Wilcoxon M-W U检验,这时校正再加上Bonferroni即可 。参数检验时因为LSD-t等检验的检验效率更高,所以一般不采用它;理论上其实也可以,这时用t检验+Bonferroni检验,只不过检验效率较低而已 。非参转换成参数检验,不是不可以,只是如果是等级资料肯定转不过去,如果是参数不服从正态转成非参再转成参数,这么来回倒腾,再考虑LSD-t本身的检验效率,这时估计都还不如Bonferroni了 。顺便说句,多重检验这块目前在生物统计学中还是研究热点,因为在生物统计中经常碰到像基因表达谱、全基因组关联分析等动辄上万次、上百万次的多重检验,不校正肯定不行,Bonferroni是标准做法但是太狠了,因此又应用了许多诸如FDR、bootstrap一类的方法 。