干货时间｜序列比对，科研必备的几款软件！( 二 ) 本文作者：Cream转载留言即可作

Graphics可以链接到基于图形序列的匹配显示（如下图）
Distancetreeofresults可以以距离树的形式显示比对结果（如下图），如果比对的是蛋白序列的话还会有一个Multiplealignment用于系统发育分析。

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Alignments选项下包含查询序列和数据库序列之间的详细比对信息。

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BLAST功能强大，使用方便，但是也存在一些缺点，它的分析速度比较慢，比对结果现不够直观，不利于后续的处理，比对不能显示基因内含子、外显子及基因定位等等。
BLAT(TheBLAST-LikeAlignmentTool)也是一款常用的序列比对工具，对于DNA序列， BLAT是用来设计寻找95%及以上相似至少25个碱基的序列。对于蛋白序列， BLAT是用来设计寻找80%及以上相似至少20个氨基酸的序列。

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BLAT也存在着一定的局限性，比如用于远亲缘物种间的核酸序列比对时，比对精度就不够高，建议使用专门为此用途开发的Blastz软件；对于少量的蛋白质比对任务(如数条或数十条) ，在速度和精度上Blastp均优于Blat；另外， Blat在重复搜索短小匹配片段的同时，会产生过多的没有生物学意义的序列比对碎片，一步分析确认。
几个常用的多序列比对软件
DANMAN是一个简单常用的核酸序列分析软件，它支持多序列比对、序列同源性分析、限制性酶切位点分析、PCR引物设计、质粒绘图等多种功能，并且是非常友好的Windows界面、软件占用内存小、兼容性也比较好， DNAMAN可以说是分子生物学人的必备工具之一了。

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Clustal是基于渐进比对的多序列比对工具，有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版， DOS版的clustlW ， clustalX等。 ClustalW不仅可以用来做多序列比对,也能做Profile-profile比对,以及基于Neighbor-joining方法构建进化树，是最常用的是多序列比对。但是由于它采用一种渐进的比对方法，不能保证能够得到最优的比对，而且速度也不够快。

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Muscle是一款速度最快的比对软件之一，在速度和精度上都优于ClustalW ，可以比ClustalW的速度快几个数量级,而且序列数越多速度的差别越大。
它采用迭代方法进行比对运算，每一次最优化过程就是迭代过程，通过不断地使用动态规划算法重排来纠正这种错误，同时对这些亚类群进行比较以获得所有序列地全局比对。但是Muscle地准确度降低了，并且对于内存的要求较高。

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MAFFT做多序列比对的精确度和速度都是比较高的，在使用时需要调节的参数也比较少。目前的版本提供两种比对方法，渐进方法和迭代细化方法，也包括更快地对大量序列进行比对的选项、更高精度的比对、非编码RNA序列的比对等。 MAFFT也有在线版和本地版。

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以上是给大家介绍的比较常用的一些比对软件，大家想学习哪个软件可以留言，我们可以推出详细的使用教程并附上程序链接或软件包。除了上面介绍的这些，还有很多对应于不同功能的比对软件，比如用于基因组比对的比对软件、用于测序数据拼接的比对软件等。