生物岛实验室“新冠病毒大数据在线分析系统”上线( 二 ) 9月27日

四、新冠病毒基因组分析工具集-ViGTK 。该应用模块整合了超过四百万条来自所有公开数据库中的新冠病毒全基因组序列、全球疫情数据、科研论文数据，实现日级的数据更新，整合病毒系统分类、序列联配、变异分析、进化网络、病毒鉴定、免疫抗原等工具，持续对新冠病毒组学数据进行跟踪分析，每日发布新冠病毒疫情日报和变异日报，持续跟踪病毒的疫情变化、数据变化和变异情况。可以实现针对病毒基因组的所有信息的全方位智能化检索、关联统计分析、直观展示基因组变异信息，病毒动态演化趋势、时空传播路径，方便科学研究人员根据自己的科研需求，设计检索思路，发现关键信息。
五、SARS-CoV-2基因组浏览-GenBrowser 。该应用模块基于自主研发的新的理论分析体系，开发了完整的数据分析流程和数据可视化模块。利用新的理论框架，基于建立的新冠病毒数据仓库，GenBrowser在线版可以顺利完成十万、百万数量级新冠病毒基因组序列的分析和日常更新，可为国内和国际防疫防控的相关团队，提供系列方便使用的免费工具，用以监测病毒变异频率的变化，监测境外输入的病毒株系可能的来源。
六、新冠病毒知识图谱系统-KGCoV 。该应用模块提供可对临床数据、基因组信息和流行病学数据进行整合分析的知识图谱工具。构建并匹配新冠肺炎（COVID-19）的流行病学信息和新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的基因组数据，并采用组合管理方法，整合了生物信息学工具生成的变异信息，为重构COVID-19感染路径及其进化趋势提供有力证据，同时可视化地展示基因组与流行病学相关的信息。此外，该应用还整合了新型冠状病毒基因组，新冠肺炎相关的流行病学、临床症状、旅行史、接触史、文献以及世界167个以上国家的新闻媒体报导等数据资源。
七、病毒基因组自动化鉴定注释系统-VIC 。该应用模块是病毒基因组检测分析和注释工具。可直接对接各种宿主及环境样本的RNA二代测序原始数据，具有对数据全自动质量控制、拼接和病毒组成分析的功能，能对样本中可能存在的包括新型冠状病毒在内的各种病毒进行快速检测，并可在线分析其相对载量。
八、新冠AI影像识别系统。该模块可提供基于胸部CT影像的新冠肺炎智能辅助筛查，提供病灶智能识别与精准勾画、新冠概率百分比参考、双肺病灶容积比、双肺CT值密度分析、四维重构图显示、影像模板参考，具有PACS系统基础功能(手动勾画、窗位调节、量尺、旋转、CT值等)，产品能准确、快速辅助医生对个体患者进行疾病筛查判断，精准了解个体患者在治疗后病灶的精准变化，为临床医生下一步的治疗提供有力的帮助。
生物岛实验室“新冠病毒基因组大数据在线分析系统”攻关项目验收专家组组长陈润生院士、副组长赵国屏院士代表专家组对生物岛实验室大数据团队在李亦学研究员的带领下，快速地整合、开发和部署该系统给予了高度赞赏，一致认为该系统将新冠大数据分析的技术中台与大数据体系融为一体，功能丰富，性能卓越，填补了我国新冠病毒分析缺乏系统性技术中台的空白。希望在提供服务的过程中，不断发展优化各模块的功能，拓展其应用，并强化该系统的工程化运维能力，对新冠病毒的深入研究及其预防医学与临床医学的实战处置提供有力的支撑和广泛的应用。未来，平台还将与国家呼吸医学中心等医疗机构进行数据对接，为大数据时代感染性疾病防控研究工作奠定范式转变、能力提升的基础。