AI一小时预测出奥密克戎变体结构，误差仅半个原子直径( 二 ) 金磊发自凹非寺量子位报道|公

Ford在这一步中，基于上面得到奥密克戎衍生RBD氨基酸序列，使用AlphaFold2和RoseTTAFold创建了预测的3D蛋白质结构。
基于AlphaFold2的预测，是在“单一序列“模式下使用PTM方法（predictedTM-score）运行。
而基于RoseTTAFold的预测，则是用“mmseqs2“模式运行的。
这两个系统都产生了奥密克戎的预测RBD结构，以及围绕多序列比对覆盖率、预测比对误差（PAE）和预测置信度（pLDDT）等指标。

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第三步，是中和抗体相互作用模拟。
在这个步骤中， Ford团队基于上面得到的奥密克戎RBD预测结构，模拟了与四个现有中和抗体结构的相互作用（分别为C105,CC12.1,CC12.3,andCV30）。

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在这个过程中，他们只使用抗体结构的一个单片段抗原结合（Fab）区域，作为对接的位置。
接下来，他们用到了生物分子建模软件HADDOCK ，来预测RBD表位与中和抗体结构的副体之间的结合亲和力。
最后， Ford团队将实际复合物（即真正的RBD结构和Fab）与奥密克戎的预测RBD结构（有相同的Fab）的指标进行了比较。
……
而从实验结果上来看，现有的中和抗体可能仍然会与奥密克戎变异的突变刺突蛋白结合。
然而，与参考RBD结构相比，奥密克戎的RBD对中和抗体的亲和力似乎降低了。
AlphaFold2和RoseTTAFold的结果都表明，以前感染的抗体至少会对奥密克戎提供一些保护。
而也正因如此，加之此次奥密克戎患者的症状并没有此前德尔塔那般严重，许多人都把它比作“大号感冒” 。
但事实是否真的如此呢？
张伯礼：奥密克戎并非“大号感冒”
也就在天津这两天天津疫情被高度关注之际，国内专家已经站出来对“大号感冒”的说法做出了解释。
国家传染病医学中心主任张文宏认为：
对于已经获得免疫力的人来讲，它是个“大号流感” 。
如果你的免疫力不够强大，奥密克戎不是“大号流感”；如果没有很好的医疗资源，奥密克戎是会“咬人”的。
中国工程院院士张伯礼也表示：
奥密克戎和“大号流感”并不一样，在国外大概有百分之五六十的病人出现了持续症状或后遗症，但一般的流感不会出现这么多。
而就在最近，世卫组织也对奥密克戎发出警告，称“尽管其毒性可能较弱，但不能低估了它” 。
甚至还做出了“或在6到8周内感染半数以上欧洲人”的预测。
因此，做好防疫措施依然是重中之重。
对此，汕头大学病毒学专家常荣山建议， “没有准备N95或KN95口罩的天津市民，外出时应当戴双层外科口罩，或在布口罩外面套戴一个外科口罩增强密闭性” 。
他表示：
叠加两个口罩的保护效果为90% ，即可以减少90%的传染概率，而单个口罩的效果则为70% 。